Studentåren i Uppsala (1728–31)
När Rothman gav Uppsala företräde framför Lund utgick han från den tid han själv studerat där. Tyvärr hade förhållandena ändrats till det sämre under de 20 år som gått. Den ena av de två professurerna i medicin innehades av Olof Rudbeck d y och den andra av Lars Roberg. Rudbeck svarade för ämnena anatomi, botanik, zoologi och farmakologi. Ämnena botanik och farmakologi hade nära anknytning. De flesta läkemedel var beredningar från växter. Roberg hade ämnena teoretisk och praktisk medicin, kirurgi, fysiologi och kemi.
Vid tidpunkten då Linné kom till Uppsala hade Olof Rudbeck d y, då 68 år gammal, medgivits tjänstledigt från större delen av sin undervisning. Medicine adjunkten Nils Rosén (Nils Rosenius: adlad 1762 och antog då namnet Rosén von Rosenstein) hade uppdraget att undervisa. Men Rosén var vid Linnés ankomst utomlands så undervisningen upprätthölls av vikarierande adjunkten Elias Preutz. Den andra professorn, Lars Roberg, var inte heller så ung, 65 år, och undandrog sig rätt mycket av den offentliga lärarverksamheten. Han ägnade dock en del tid till privata lektioner. Detta var ekonomiskt mer lönsamt. Tyvärr var denna undervising inte av hög kvalité. Till detta skall läggas att de medicinska institutionerna lär ha varit i ett uselt tillstånd. Underhållet av Akademiska sjukhuset var synnerligen bristfälligt. De medel som anslogs till underhåll var så otillräckliga, att Roberg var tvungen hyra ut en del rum till krog och ölstuga. Detta innebar emellertid sådant oväsen och bekymmer att Konsistoriet förbjöd verksamheten. Någon ekonomisk ersättning för att förbättra situationen utgick inte. Roberg förklarade i ett antal skrivelser till Konsistoriet att brandsynen förklarat lokalerna otjänliga för människor att vistas i.
I Konsistoriet var man väl medveten om Akademiska sjukhusets situation. Roberg konstaterar att Konsistoriet: ”hölt före ganska farligt och oförswarligit woro taga någon folck in i sådana rum, särdeles som de kunde tända an på de största och farligaste husen i staden, hwilcken olycka gud nådeligen afwände”. Under dessa omständigheter ansåg sig Roberg inte kunna ge någon klinisk undervisning. Detta framgår av att ämnet uteslutits ur 1728 års undervisningskatalog. Det hade dock tidigare funnits utrymme för klinisk undervisning i samband med hembesök hos de sjuka. Vid tiden då Linné kom till Uppsala var även denna del av undervisningen avbruten; som Th M Fries skriver i sin levnadsteckning över Linné ”Under Linnaei studenttid ägde något sådant ej rum, vare sig Roberg tröttnat därvid eller patienterna tröttnat på honom på grund af hans tilltagande snikenhet och hans tämligen summariska ordinationer”.

Källa: Anatomiska teatern, Informationsskrift från informationsavdelingen Uppsala universitet 1985
Även botaniska trädgården var i förfall. Den härjades av branden 1702 och hade därefter inte satts i skick igen. Utöver bristande intresse och ekonomiskt stöd fanns också vissa brister hos den som var satt att sköta trädgården:” han icke skal ha den kunskap om trädgårdens rycktande, som wederbör, och at han icke skal hålla sig nycktert utan försumma sin tjenst”(Consist prot. 1728) . Prof Roberg påtalade förhållandena för Konsistoriet, som ”lofwade låta sig det ärendet wara angeläget” – men mer än så blev det inte.
Även den anatomiska undervisningen låg i stort nere i början av 1700-talet. Detta trots den anatomisal som O Rudbeck d.ä. lät bygga ovanpå Gustavianum. I Gustavianum fanns också universitetets bibliotek. Professorn i juridik, Reftelius, klagade över att anatomiska demonstrationer störde annan undervisning. Konsistoriet beslöt därför att demonstrationer endast fick ske onsdagar och lördagar. När Rosén återkom från sin utlandsvistelse använde han anatomisalen men tillhölls att inte använda levande ljus då det innebar fara (brand) för biblioteket.
Linné började således sina studier vid en tid då undervisningen i medicin låg nere genom professorernas bristande intresse och dåliga materiella förutsättningar. Ekonomin var också ett problem för Linné. Pengarna han fått från föräldrarna var snart slut. Han ”måste sätta sig i skuld för maten och måste slita bara foten, då han ej kunde såla sina skor, såvida han ej lät sulan ersättas af något papper, som han lade i skon”. Att studera medicin var vid den tiden inte högt meriterande. Utbildning och handledning var eftersatta och det var svårt att få stipendier för en medicinstuderande. Det var en svår start för Linné. Trots detta lyckades han skaffa sig utbildning och inom kort tid göra betydelsefulla insatser inom det medicinska området.